本电影改编自日本漫画家郎正宗在1995年创作的同名动画片《攻壳机动队》。故事的设定在未来的亚洲社会，全世界被庞大的信息网络和电子科技所笼罩着。新型科技可以将人类的器官改造。整个社会充斥着人造人，仿生人。人类的身体渐渐的变为了一个可以容纳灵魂的机器，在这样的社会环境下，高科技犯罪活动也开始肆意疯狂的生长。公安九科作为破获高科技犯罪的主力，队伍中的王牌便是本片的主角，最高级别人造人素子。在任务的行动过程中，素子却发现了新的关于自己身世与身体的阴谋。